SSP-kbs, Peta zonasi ini merupakan peta zonasi yang diterbitkan pada 24 Februari 2012, berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Perlindungan Hutan dan Konservasi Alam Nomor SK.21/IV-SET/2012.
- Zona Inti, zona ini memiliki luas 34.311 Ha dan merupakan zona yang mutlak dilindungi, di dalamnya tidak diperbolehkan adanya perubahan apapun oleh aktivitas manusia, kecuali yang berhubungan dengan ilmu pengetahuan, pendidikan dan penelitian
- Zona Rimba, zona ini memiliki luas 66.921,08 Ha merupakan zona yang di dalamnya tidak diperbolehkan adanya aktivitas manusia sebagaimana pada zona inti kecuali kegiatan wisata alam terbatas.
- Zona Perlindungan Bahari, zona ini memiliki luas 36.308 Ha adalah daerah dari garis pantai sampai 500 m ke arah luar dari garis isodepth 20 m sekeliling bats karang dan pulau, kecuali pada zona pemanfaatan tradisional bahari. Pada zona ini tidak boleh dilakukan kegiatan pengambilan hasil laut, seperti halnya pada zona inti kecuali kegiatan wisata alam terbatas.
- Zona Pemanfaatan Wisata Daratan, zona ini memiliki luas 824 Ha dan diperuntukkan secara intensif hanya bagi wisata alam daratan.
- Zona Pemanfatan Wisata Bahari, zona ini memiliki luas 1.584 Ha dan diperuntukkan secara intensif bagi wisata alam perairan.
- Zona Pemanfaatan Tradisional Daratan, zona ini memiliki luas 879 Ha, zona yang dapat dilakukan kegiatan untuk mengakomodasi kebutuhan dasar penduduk asli dalam kawasan dengan izin hak khusus pemanfaatan oleh Kepala Balai TN. Komodo.
- Zona Pemanfaatan Tradisional Bahari, zona ini memiliki luas 17.308 Ha, zona yang dapat dilakukan kegiatan untuk mengakomodasi kebutuhan dasar penduduk asli dalam kawasan dengan izin hak khusus pemanfaatan oleh Kepala Balai TN. Komodo. Pada zona ini dapat dilakukan pengambilan hasil laut dengan alat yang ramah lingkungan (pancing, bagan, huhate, dan paying).
- Zona Khusus Pelagis, zona ini memiliki luas 59.601 hektare. Pada zona ini dapat dilakukan kegiatan penangkapan ikan dan pengambilan hasil laut lainnya yang tidak dilindungi dengan alat yang amah lingkungan (pancing, bagan, huhate, dan payang) serta kegiatan wisata/ rekreasi.
- Zona Khusus Permukiman, zona ini memiliki luas 298 Ha, zona untuk bermukim hanya bagi penduduk asli dengan peraturan tertentu dari kepala Balai TN. Komodo bekerja sama dengan pemerintah daerah setempat.